Topografía
La cadena de islas está formada por la Serranía de Bonacca, la cual es una extensión submarina de la Sierra de Omoa. Esta cordillera continental, que se encuentra cerca de la escarpa sur de la Fosa de Bartlett, desaparece en el mar Caribe cerca de Puerto Cortés. No hay ríos en ninguna de las islas, y las fuentes de agua se encuentran en forma de arroyos temporales o acuíferos subterráneas. Cada una de las islas es única por su composición geológica y topográfica.En la isla de Utila esta base geológica está cubierta con piedra caliza coralina, en algunos lugares esta piedra caliza se ha erosionado hasta el nivel del mar. Esta isla se caracteriza por sus pantanosos manglares y unas pocas y pequeñas colinas en su extremo oriental. Pumpkin Hill, situado cerca del extremo oriental de la isla, es el remanente de un antiguo volcán que crea el terreno desigual de esta área Los suelos de Utila son sorprendentemente fértiles, debido a la topografía plana de la isla y a los materiales volcánicos que conforman otra parte importante de la topografía de la isla.
Guanaja presenta una mezcla de los rasgos topográficos y geológicos que caracterizan las otras dos islas. Esta isla es más o menos dividido en tres secciones por una serie de colinas, la más alta se eleva a más de 350 metros sobre el nivel del mar, el cual es el punto más alto del departamento de las Islas de la Bahía. Estas cumbres son importantes yacimientos de granito, mármol y serpentina. En medio de estos cerros, llanuras aluviales de un tamaño moderado atraviesan estos depósitos. Además, en las partes más altas de la isla de Guanaja la vegetación y la fauna es más diversa, y la cantidad de agua fresca aumenta.
Roatán, la mayor de las Islas de la Bahía, se caracteriza por su montañosa columna vertebral, compuesta de colinas que corren de oeste a este a través de toda la isla. Estas cumbres a menudo son coronadas por afloramientos de rocas metamórficas tales como mármol, anfibolita, serpentina. Las áreas planas son escasas por toda la la cordillera central de la isla, estas se encuentran principalmente en las costas, aunque, limitadas en tamaño. La costa sureña de la isla, cuenta con una abundancia de puertos y ensenadas anchas y profundas, y protegidas por arrecifes. Mientras que la parte norte, salvo por unos pocos pasajes estrechos, es en gran parte inaccesible, debido al extenso arrecife coralino.
La isla de Santa Elena se ha descrito como una extensión de Roatán ya que está separada sólo por un tramo largo de manglares. Esta isla tiene una pequeña elevada colina en el centro. Se caracteriza por un gran número de cuevas, la mayoría de los cuales están ubicados a lo largo de un acantilado en el extremo occidental.
Morat es la más pequeña y más plana de Islas de la Bahía y se compone de una sola cresta con dos colinas pequeñas, que se componen principalmente de rocas sedimentarias, con algunas intrusiones de serpentinas.
Barbareta, aunque también es una isla pequeña, es sin embargo muy diferente ya que contiene varias cumbres, la más alta alcanza una altura de 143 metros sobre el nivel del mar. Barbareta también tiene el mayor depósito de serpentina de todas las Islas de la Bahía. Cubre aproximadamente un tercio de la isla
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